德格印经院的刻版历史分为以下几个阶段。

一、德格印经院创建前的萌芽阶段。据《德格土司系谱》(即《德格世德颂》)记载：“德格第十代土司兼第四世法王松吉登巴在任期间，完成了雕刻三文(藏文转写梵文、乌都尔文、藏文)合璧的《般若波罗蜜多经八千颂》和该典籍中的释迦牟尼十二弘化插图后，由俄尔堪布·松吉彭措亲自主持开光并编写了该书目录。该书的刻版和印刷在德格属首次。”郭译师·却珠泽师的《藏文文法·后记》(德格版)中写道：“此文法解释是学习藏文者不可缺少的读本，该书是由德格土司松吉登巴出资，于第十二绕迥木猴年(公元1704年)四月在德格伦珠顶雕刻印刷”。又据《萨迦格言·后记》(德格版)记载：“为了此书将问世整个雪域，于第十二绕迥木鸡年在德格伦珠顶由土司松吉登巴出资雕刻印刷”。此外，还有一些修法仪轨方面的典籍也是这个时期刻制的。据有关资料证明，在德格印经院创建之前，由德格土司出资雕刻的印版数量大约有1500余块。由此可见，德格印经院院藏印版的刻制和印刷历史至少可以上溯到公元1703年(清康熙四十二年)以前，早于建院时间26年。至于德格民间中有“德格印经院所藏印版中年代最早的可达500余年”的说法，可能是指德格土司早期的收藏版。 

二、德格印经院创建时期的初兴阶段。土司却吉·登巴泽仁执政时期，一方面着手创建印经院，另一方面积极筹划印版的刻制工作。从公元1729年(清雍正七年)至1738年(乾隆三年)的近10年间，较大规模的刻版工程全面展开，其目标旨在完成《甘珠尔》的编校、刻制和《丹珠尔》印版刻制的初期工作。同时完成了诸如《萨迦五祖文集》、《佛教源流》、《修法仪轨》等典籍的刻制。至公元1738年，德格印经院所藏印版数量有近10万块。 

据德格版《甘珠尔总目录》记载：却吉·登巴泽仁52岁时，1729年7月6日在伦珠顶开始筹备雕刻《甘珠尔》，任命司徒·曲吉久勒为编审师，开始筹划编辑工作。土司调集了辖区内的著名书法家、刻工、画师以及一大批青年僧人，以师带徒的方式让他们学习书法和雕版印刷技术。在七个多月的紧张筹备工作中，司徒·曲吉久勒、罗萨翁波、噶玛巴珠和克追·扎西翁修等搜集《旁塘目录》、《秦浦目录》、《登迦目录》和纳塘《甘珠尔》、蔡巴《甘珠尔》的手抄本以及丽江－理塘《甘珠尔》等当时藏区能找到的所有典籍和版本作为参考。

于1730年(清雍正八年)2月3日正式在伦珠顶开始进行雕刻和校对工作。为了提高印版的质量，土司规定实行三级审稿制度，即书法家们负责对写好的印版原文进行两次校核，以便及时修改错漏。然后经编审师们复审和终审后，方可交刻工雕刻。刻完后编师们在清样上还要进行三校。版面改动较多的必须重刻，改动较少的进行补刻，规定的校次不准任意减少或变动，雕刻工作由噶玛班珠和次白总负责。经过60名书写员、10名编审师、四百多名刻工的艰苦劳动，浩繁的《甘珠尔》刻版工程终于在1734年(清雍正十二年)完成。 

雕刻完《甘珠尔》印版后，继续雕刻了《萨迦五祖文集》、《佛教源流》和《修法仪轨》等各种单行本六十多函，并开始雕刻《丹珠尔》。据有关资料记载，《萨迦五祖文集》是俄尔堪布·扎西伦珠的大力支持下，搜集了噶·阿尼当巴所编的《萨迦五祖文集》以及龚垭和更庆等寺庙保存的6种不同版本对照勘校，以晓达桑林寺保存的文集为底本，由木桑银巴嘉措和丹增嘉措为编审师，于1734年(清雍正十二年)4月25日始刻，至1736年(清乾隆元年)完成。 

三、德格印经院建成后的中兴阶段。这个阶段从18世纪40年代至18世纪末，之所以称为中兴阶段，主要是因为所刻制的印版数量之大，是此前和此后的所有时期都无法比拟的。所编辑和刻制重要文献数十部，共计三百四十多函，使德格印经院印版总数超过20万块。仅《丹珠尔》的印版就达三万二千余块。 

却吉·登巴泽仁逝世后，于1739年(清乾隆四年)由其子彭措登巴主持继续雕刻《丹珠尔》，并聘请邓柯地区的萨迦派名僧徐钦·赤称仁钦为总编审师，古如扎西、阿多和赤称绕登三位为负责雕刻的总管。前后搜集了星巴达则、夏鲁寺、司徒·曲吉久勒所编纂的《丹珠尔》等六种版本。由徐钦·赤称仁钦、木桑喇嘛银巴嘉措、欧金扎西、西绕丹增等10名审师仔细勘校，经五百多名刻工的努力雕刻，终于在1742年(清乾隆七年)竣工。这个时期刻成的印版还有：《嘛呢文集》、《西藏王统记》、《佛教史大宝藏论》、《五部遗教》、《莲花生大师本生传》、《玛尔巴和米拉日巴传》、《诗镜注释旦智意饰》、《四部医典注释·蓝琉璃》、《补充秘诀医典一百三十三章·补遗》、《白琉璃》、《历算经典·除锈》、《白琉璃论献疑二百零八条》、《道果丛书》、《黑白花十万龙经》、《了义契经》、《贤劫经》、《般若经》以及部分著名译师的传记等50余函。

第十五代土司兼第八世法王洛珠降措执政期间，组织雕刻《隆钦七藏》、《宇妥·医学十八支论》、《医诀精要·千万舍利》、《医学精要集》等十多函。 

第十六代土司兼第九世法王德噶绒布执政期间，由次旺拉姆出资刻了《旧译十万续部集》、《晋林文集》、《隆钦精义四支》、《俄尔钦文集》和《衮论文集》等40函。 

四、19世纪以来的维持阶段。经过前两个阶段大规模的印版刻制，使德格印经院藏版已达到相当规模。19世纪，德格土司统治势力和经济实力已开始衰落，所以印版的刻制逐步减少，处于一种相对维持阶段。在此期间内(到1949年止)，由于土司内部斗争和一些外部因素，刻版还有部分散落，第十八世德格土司当泽多吉执政时期完成了《敦让巴文集》、《腰处文集》、《绒丹文集》、《宗喀巴文集》、《达博文集》、《妥美文集》、《道果阐释》、《续部总集》等六十多函的雕版。据有关资料记载，《续部文集》由洛德翁布在德格县境宗萨寺开始搜集有关经典，由拉桑·登比坚赞、降拥勒比洛珠、根曲坚赞和却吉坚赞担任编审师，书写员土登勒协桑波、喇嘛·昂翁曲增和宗达·克追嘉措写完版文后，于1887－1892年(清光绪十三年至十八年)间在宗萨寺雕刻完成。由总纂者洛德翁布和东岗·赤钦仁波且进行了再次编审，并由东岗·赤钦仁波且编写细目。此版不久被搬迁到印经院存放并付印。 

第二十一代土司次旺邓都执政期间，雕刻了《米旁文集》和《木雅·贡索文集》等部分文献三十多函。 

五、20世纪80年代以来的再兴阶段。20世纪80年代以来，德格印经院一边进行维修，同时也着手对残缺印版和新版本印版的刻制工作。从80年代初至1999年3月止，已补刻和新刻印版43599块，87118页。这个数量相当于70年代末院藏印版总量的20％。新刻制的文献版本主要有《伏藏宝库》、《米旁·智者入门》、噶玛巴·弥觉多吉著《俱舍注释》2部和《入中论解说》1部、巴窝·祖拉成瓦著《入菩萨行论注释》1部、《夏扎·扎西降村文(大圆满部分)》以及数千页杂文和画版(重刻印版主要有《宁绒》、《崩》等)。