德格土司至第七世向巴彭措时期(明末清初)，政教合一的体制已经形成，故向巴彭措不仅掌握德格地区政治大权，同时兼任该地区第一世法王，成为宗教领袖，从而也掌握了德格地区的宗教大权。在宗教方面，统辖邓(柯)、德(格)、白(玉)、石(渠)、同(普)等地区二百余座宁玛、萨迦、噶举、格鲁以及白苯教派寺庙，并将噶拖寺、白玉寺(宁玛)、八邦寺(噶举)、更庆寺(萨迦)、竹箐寺(宁玛)作为其家庙。所以德格印经院自创建以来至1959年民主改革结束时止，在长达230年的时间里，一直是受德格土司和更庆寺的双重管理。德格印经院行政管理体制在第十二世德格土司兼第六世纪法王却吉·登巴泽仁执政时期已初步形成。 

德格印经院的管理，在1949年前一直以却吉·登巴泽仁和八邦寺活佛司徒·曲吉久勒所制定的《印经院管理规则》为准绳。该规则规定印经院的管理机构由院长、管家和秘书三人组成。他们的产生，由更庆寺堪布推荐本寺中藏文水平高、品质可靠、有一定组织能力和管理能力的喇嘛作为候选人，再提交管家会议研究决定，由土司任命。每届任期为三年，若经营管理有方者，可以连任。院长除负责全院的行政事务和对外经营外，并有任免组长、吸收和辞退工匠的权力。管家负责财务收支、验收印出的经典与文献、供应印刷用品和材料、掌管仓库钥匙、支付工匠的工钱和食品等。秘书主管记账、制定全年收支预算、订立合同和处理来往信函。 

德格印经院的管理对于印版、设备和技术工匠的要求十分严格。各种印版雕刻完毕，必须经院长验收合格后，才能分类存放于藏版架上。平时印版出库入库均需履行登记、签名等手续，存放时轻拿轻放。每年印刷结束时，须将印版清洗干净，然后涂上酥油才准入库。全体人员都必须爱护印版和各种设备，如发生故意损坏者，由院长或土司予以制裁。同时还制定了印经院的防火、防潮、防虫等规章制度。 

每年印刷时间，一般是从藏历3月15日开始，至9月20日止。每年印刷经典、文献均有一定的限制，如《甘珠尔》只能印25套，《丹珠尔》20套，其余经典、文献印量控制在十余套左右、印刷原料多为就采制，土司辖区内有近百家固定造纸户，每个造纸户每年均应按例上缴用纸。印版胚板、墨及其他原料仍以支差敛赋的办法在辖区内征集。 

1958年后，德格印经院停止刻版、印刷，由德格县有关部门对所有文物进行清理，暂时封存。1979年德格印经院成立“德格县文物管理所”，隶属县文教局管理，配备干部5名、职工5名，开展对印经院古建筑和所藏文物的管理、保护工作。1985年，德格印经院由县文教局移交县宗教局管理，“德格县文物管理所”更名“德格印经院文物管理所”。1998年12月，德格印经院又由县宗教局移交县文教局管理。现有正式职13人，其中所长1人、副所长2人，另有80－100名季节临时工担任印经院的刻版、印刷等生产任务。 

1979年，经有关部门批准，德格印经院适度开展文献印售业务，其价格由县有关部门核定，经省、州宗教、文化、物价管理部门审查后执行。从1979年至1988年的10年间，德格印经院各项收入累计达1600万元，共上交财政三百余万元，缴纳税收九十四余万元。90年代以来，德格印经院的印刷业务量逐渐减少，主要工作集中于文物的保护方面。1999年，随着旅游业的发展，德格印经院开展了旅游服务，吸引了国内外众多的游客前来观光。