在德格土司统治时期，德格印经院每年都要从总收入中拿出部分资金，进行一些必要的维修，但都停留在小修小补上。 

据《德格县志》记载：“1979年，德格县文物管理所成立后，经文物管理所和县计委鉴定，古建筑主体结构严重损坏，多处梁柱朽蚀，墙体断裂，且因建筑基地系古泥石流冲击层，东、西、北面外墙失稳，导致向西倾斜0.1米，墙体的层面下沉0.42米，外墙最大倾斜度10°57′。加上古建筑年久失修，外墙风化严重，北墙腐蚀深度达墙体厚度的三分之一。内部木结构严重变形、倾斜,大小经堂塑像斑剥脱落，总面积852平方米的墙面壁画80％以上朽蚀开裂。古建筑严重受损情况引起各级政府和有关部门的重视。” 

从1979年起至1998年，对德格印经院的维修和保护，以及扩建工作一直未停止过，据统计小型局部维修4次，大型维修1次。 

一、1979年，四川省民族事务委员会拨款2万元“由文管所实施抢救性维修，撤换了部分朽蚀严重的梁柱，修补了楼面，缓解了整座建筑的损坏程度”。 

二、1981年，文管所聘请德格县政协常委土登泽仁和青海省的雕塑师重塑了大小经堂的全部佛像。 

三、1983年，“印经院又聘请工匠修复了楼顶的金刚时轮、鎏金孔雀塑像，陆续恢复了吉祥八宝，金顶、经幡、金幢等设置”。

四、从1983年起开始酝酿德格印经院的彻底大修和全面保护，在广泛征求意见和反复修改维修方案的基础上，于1988年正式确定《德格印经院维修方案》。其间，第十世班禅额尔德尼·确吉坚赞大师于1986年9月在甘孜藏族自治州视察期间，在听取各方面意见的基础上，确定了维修方案，并成立德格印经院维修领导小组。从1988年10月动工，于1991年10月竣工，历时三年整。维修工程共耗资324.52万元(含主体维修、附属建筑的扩建等)，金顶部分装饰、壁画修复、雕塑等共用黄金2567.24克。 

五、1996年，德格印经院对平顶上的法轮、孔雀、法幢以及金顶又进行了小规模的调整和维修，耗资9万元。